Nel 1991 si attiva il primo corso di specializzazione post-lauream all’interno della Facoltà di Scienze dell’Educazione in collaborazione con l’Istituto di Psicologia.
Nel novembre 1994 la scuola ottiene dal Ministero dell’Università e della Ricerca Scientifica e Tecnologica (MURST) il riconoscimento ufficiale dell’equivalenza del proprio diploma in Psicologia Clinica al corrispondente titolo accademico delle università italiane (D.M. del 18.11.1994, pubblicato sulla G.U. n. 286 del 7.12.1994). Il diploma è valido anche ai fini della psicoterapia. Si è trattato di un risultato di grosso rilievo per la nostra Università, fortemente voluto dal prof. Pio Scilligo ed ottenuto con la collaborazione del prof. Antonio Arto, allora Direttore della Scuola
Nel 1995 il prof. Pio Scilligo viene eletto Direttore della Scuola, mantenendo tale incarico sino al 2005; successivamente la Direzione è stata assunta rispettivamente dalla prof.ssa Carla de Nitto dal 2005 al 2013 e dalla prof.ssa Cinzia Messana dal 2013 al 30 giugno 2021. Dal I° luglio 2021, per il prossimo quadriennio, la Scuola è diretta dal prof. Raffaele Mastromarino.
La Scuola ha mantenuto nella sostanza l’impronta data dal prof. Pio Scilligo che per molti anni l’ha diretta. L’ampiezza di orizzonti e il rigore scientifico che hanno sempre caratterizzato l’attività – di teorico, ricercatore e clinico – del prof. Scilligo hanno consentito allo stesso di mettere a punto un progetto formativo in linea con le suddette finalità. L’attualizzazione di tale progetto comporta che nella pratica si effettuino interventi che stimolano il paziente a divenire protagonista del cambiamento, capace di darsi una direzione tenendo conto del suo contesto di relazioni.
Gli allievi iscritti alla Scuola provengono da varie parti d’Italia. Sono perlopiù neolaureati ma non mancano professionisti già qualificati che intendono ampliare la loro professionalità avvalendosi di un approfondimento teorico che diventi guida per la prassi.